Учитель закончил Вуз получил диплом (к примеру, с отличием) гос. образца,
Следовательно, этого учителя тоже кто-то учил. И этот "кто-то" тоже мог оказаться бракоделом.

процесс обучения проводит по утвержденным методическим пособиям и гос. стандартам.
Вы в этом уверены?
Или, все-таки, возможны случаи, когда из-за того, что 50% выпуска по существующим стандартам должны были остаться неаттестованными, допускается отступление от стандартов. Дабы выпустить если не всех, то хотя бы почти всех обучаемых.

50 % в классе аттестовываются по среднему и высшему балу, остальные ... Как оценить профессионализм учителя при этой , довольно распространенной ситуации.

Эта ситуация возможна по одной из двух причин:
1. Несоответствие между программой и возможностями учеников.
2. Недостаточная квалификация учителя.
Естественно, чтобы сделать вывод 2, нужно исключить вариант 1.
А для этого сперва нужно определиться, в какой ситуации мы находимся:
- обязательное минимальное образование (обычая средняя школа), где отсутствует входной отбор - в этом случае нужно "рихтовать" программу.
- необязательное "продвинутое" образование (высшее, среднее с "углубленкой"), где существует конкурс на поступление - здесь нужно приводить соответствие вступительные испытания с программой обучения.

Бракодел он для 50 % учеников или нет? По Вашему представлению, как и рабочий на заводе, выпустивший 50 % бракованных деталей - бракодел.

Он не "бракодел для 50% учеников" - он просто бракодел. За счет "индивидуального фактора" не успевать в классе IMHO может максимум 1-2 ученика. Если больше - это говорит о том, что педагог не справляется с работой.

Я с такой ситуацией всречаюсь довольно часто и однозначного ответа не имею.
Вот именно из-за этого наше образование и катится вниз.